Focusing on the practical needs of biologists, this guide demystifies multiple sequence alignments (MSAs) by providing a thorough overview of various programs and their applications. It addresses common uncertainties regarding how MSA programs operate and the reasons behind differing results. The book introduces essential algorithms and processes in an accessible manner, while the second part offers a comprehensive, data-driven comparison of MSA programs to assist researchers in selecting the most suitable tool for their data analysis.
Dieses Buch ist ein praktischer Ratgeber für Biologinnen und Biologen, die Multiple Sequenzalignments (MSAs) für ihre Datenanalysen verwenden und einen verständlichen Überblick über die vielen verschiedenen Programme suchen. Trotz ihres wichtigen Stellenwertes in der Datenanalyse herrscht Unsicherheit unter den Forschenden wie MSA-Programme genau funktionieren - ganz zu schweigen davon, wie und warum die unterschiedlichen Analysen zu verschiedenen Ergebnissen führen. Welches Programm ist für die Auswertung meiner Daten das richtige und wie kann ich sicherstellen, alle relevanten Erkenntnisse aus den Alignments gezogen zu haben? Dieses Buch bietet hilfreiche Erklärungen und Hintergründe ohne große bioinformatische Vorkenntnisse vorauszusetzen und führt die Leserinnen und Leser langsam in die Thematik ein. Im ersten Teil des Buches werden die möglichen Einsatzfelder wie auch die Formate, die üblicherweise von MSA-Programmen produziert werden, im Detail beschrieben. Ebensowerden auf unkomplizierte Weise die zentralen Algorithmen sowie die inneren Abläufe der gängigsten MSA-Programme der Vergangenheit und der Gegenwart in größerer Detailtiefe erklärt. Den zweiten Teil des Buches bildet ein ausführlicher datenbasierter Vergleich zwischen MSA-Programmen, der als Entscheidungshilfe für die Programmauswahl für dein nächstes Alignment dienen soll.
