Tom vit heureux avec ses parents adoptifs, Ferdinand et Juliette. Mais un soir, des grenouilles lui annoncent qu'un déluge menace les êtres vivants de la planète... Et bientôt, des rafales de pluie s'abattent pendant quarante jours et quarante nuits sur la Terre. Seule une petite troupe d'humains et d'animaux, menée tambour battant par Ferdinand, résiste. Mais pour survivre, il faut tout d'abord apprendre à... vivre ensemble!
